机能产生即时损害、或潜在损害的致病因素，主要包括病理性遗传基因、各种栓子、肿瘤、结石、水液、癖血、风湿热等免疫损害以及其他一些尚不明释的病理因素。对于与外因无关联的病理因素，我们很容易理解这些致病因素的内源性特点;而对于那些伴有外界诱因，或者是外界病理因素直接作用所产生的致病原因，我们仍然认为这些病理物质具有“内源性病邪”的特性，因为，这些病理物质往往成为主要的病理危害，决定着疾病的性质，决定着整个病理过程。因此，我们应该把这些病理物质归于“内源性病邪”的范畴。“内源性病邪”具有“素体就有，长期潜伏，因时而发”的特点。“素体就有”是指病邪先天就存在于病人体内，或者说存在滋生“内源性病邪”的好发性。“素体就有”的特性与前面提到的“突发病邪”并无矛盾之处，因为任何“突发”事件并不是无根无源的，“突发病邪”的产生往往有其深远的或隐匿的物质基础。“长期潜伏”是指“内源性病邪”造成病理损害可以有一个较长的潜伏期。“因时而发”是指“内源性病邪”致病会受到正气及其他病邪的影响，在适合“内源性病邪”的时机和环境时才对机体发生损害。2、“内源性病邪”的病理损害“内源性病邪”主要造成占位损害、阻塞通路、物质代谢失常、营养剥夺等病理损害，主要有以下几个方面。
（1）打破阴阳平衡，出现阴阳盛衰之变化“内源性病邪”的病理损害同外感六淫的病理损害存在相同之处，也同样能导致阴阳盛衰，可以有“内生邪热，阳盛则热，阴盛则寒”的说法。同时，对于因“内源性病邪”而导致的疾病也能用“谨察阴阳所在而决之，以平为期”的中医治疗方法。
（2）破坏五行生克的平衡“内源性病邪”可以导致某一脏腑的虚弱而使生克失常，出现内源性的逆乱。这样就很容易解释没有七情、饮食所伤的“肝气犯脾”型泄泻，“肝胃不和”型胃痛以及“肝火犯肺”型咳嗽等疾病的病因病机。
（3）损害某一脏腑或几个脏腑的功能这种损害一是指西医学的组织器官的损害，二是指以功能单位为特征的中医学脏腑的损害，中医学在临床中应突出“功能单位”的脏腑概念，实施诊断和治疗，如心梗后病人出现自汗、乏力、心慌等症，一是心脏“泵”功能的损害，二是指心阳、心气的损害中医学可以从整体辨证出发，超越了“栓子”、“梗塞”的局部病理实施补气温阳的整体治疗方法，这是中医学临床的优势。
（4）耗损气血津液，影响气血津液的输布“内源性病邪”一是损耗气血津液，如常见的肿瘤病人出现的恶病质就是因为肿瘤病邪对气血津液的剥夺所致;二是阻滞气血津液的通道，影响气血津液的输布，如癌性渗出出现胸水、腹水等。
综上所述，中医在医疗实践中早就注意到了内源性疾病的存在，且也有了相应的治疗对策了。
之所以对多器官或者多基因功能失调引发的内源性疾病，感到束手无措，是因为西医的线形思维：西医在19世纪传入中国，以其明确的标准化迅速被人们认同接受。至今在医学界已占到绝对统治的地位。“只有能用数字表达的才是科学的。”西医的一切理论与实践都有量化标准。比如，急性扁桃体炎：发热、咽痛、吞咽时疼痛加重；检查时可见扁桃体肿大；血液检查：白细胞总数增高，中性比例增大；细菌学检查：链球菌感染。治疗：抗生素加对症。可能出现的并发症：急性肾炎、风湿性心脏病、风湿性关节炎。条理清晰，根据充足，无可挑剔。就像我们解一元一次方程那样严谨，无懈可击。在这里最重要的前提是未知的变量很少。因此，西医是由专家学者们制定出标准，用统一的、通用的、量化的标准指导临床。但是人体是一个非常复杂的庞大体系，现代医学尚不能完全认识，用量化指标表达人体，比如衰老，比如高血压，比如癌症等。线形思维适用于机械系统，比如设计一辆汽车，一架飞机，一颗飞弹，要求系统有绝对的稳定性和可重复性，而不允许有偏差和不稳定性。相对与机械系统来说，生物系统（比如人体）则时时处于崩溃的边缘各个系统均处于不稳定的动态平衡中。而影响这个动态平衡的因素则不胜枚举。比如体温可因时间的不同，进食的区别，情绪的变化，外界的气温，活动度的大小等等随时而变化。因此，线性思维的模式对单因素引发的疾病，如由某种细菌，或者某一器官功能的失调引发之疾病的治疗是比较凑效的，可是对多器官或者多基因功能失调（功能衰退及亢进均系失调或者失衡）引发的疾病就感到步履艰难，无从下手了。
相对于西医来说，中医的思维方式则为非线性思维，也就是被广泛应用于各种领域的“混沌理论”。这个理论其实就讲了两个问题：一是任何复杂系统都有内在的潜在的规律性；二是任何简单系统都有其复杂性的一面。人类进化至今已成为自然界最复杂的系统之一，“阴平阳秘，其人乃寿”揭示的就是人类健康长寿的基本规律，讲的是协调、统一、平衡。“虚则补之，实则消之”为维护这个平衡的手段，具体
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