第五，防疫部门要做好洪水过后的消毒、杀虫、灭鼠工作，提供药品、器械和技术指导。常用消毒药品有二氯异氰尿酸钠、漂白粉、净水片，常用杀虫药品有残杀威、马拉硫磷、氯氰菊酯等。灭鼠则采用鼠夹、鼠笼、粘鼠板等。常用喷雾器械有背负式机动喷雾机、手提气压式喷雾器、飞机超低容量喷雾装置等。
第六，加强疫情监测和医学观察。坚持早发现、早报告、早隔离、早治疗，把疫情控制在萌芽之中。注意各种传染病的发生及流行趋势、疫情动态，及时报告，严格隔离制度。参加抗洪的人员离开灾区后，要对他们进行医学观察，观察时间要超过传染病的潜伏期。
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