北派由著名藏医强巴。南杰扎桑创立。他的知识广博，除了对《四部医典》进行诠释的《所需所得》以外，还有一些其他著作。由于他生活在北方高原地带，对常见病如风湿证有丰富的治疗经验，擅长应用温热药物、艾灸及放血疗法。
南方学派的出现较北派略晚一些，其代表人物是舒卡。年姆尼多吉。他对南方的草药有独特的研究心得，著有《草药鉴别》、《草药性味》、《草药生态》。其后的南方学派重要医家洛追给布对《四部医典》也很有研究，著有《祖先口述》，此著作至今仍为医家学习和研究《四部医典》的重要参考书。
公元17世纪初，甘丹颇章王朝建立，这个王朝中比较有成就的是五世达赖（1617～1682），他十分重视发展科学，采取了一系列鼓励发展医学的政策和措施，使藏医学得到较大的发展。
五世达赖对培养医学人才比较重视，先后建立藏医机构数处。如在拉萨北郊的哲蚌寺设立“医学利众寺”，下令恢复日喀则的医学校，招收优秀青年喇嘛学习《四部医典》，培养优秀学者。
不久，五世达赖的摄政王第司。桑吉嘉措在拉萨设立“药王山医学利众寺”，由桑吉嘉措直接主持。他凭借其政治地位，广泛研究历代各注家的著作，并根据亲身经验，对《四部医典》进行了深入细致的研究，特别对那些有争议的、比较难懂的问题进行了通俗的注解和诠释，于1686年完成巨著《四部医典蓝琉璃》，篇幅比原著增加一倍以上，内容通俗易懂，是《四部医典》的标准注释本。
这一时期，刻板和印刷的技术均已大大提高。桑吉嘉措在五世达赖的批准下，刻印了一大批藏医的重要著作，如《四部医典》扎汤版，洛追给布的《祖先口述》《新老宇陀传记》《四部医典蓝琉璃》等许多著作。桑吉嘉措还根据《四部医典蓝琉璃》的内容，主持绘制了一整套藏医彩色挂图，用形象的图画把该书的内容通俗地表述出来，全套挂图共79幅，这是世界医学史上仅有的珍贵文物，受到国内外藏学界及藏医界的特别重视。
这一时期的本草学著作是帝玛。丹增彭措的《晶珠本草》，全书收载各类药物2294种，涉及每一种药物的形态、功用、产地、用法等内容，是藏医药史上影响最大的药物学专著。
此外，这一时期藏医药在西藏以外的地区也得到了一定的发展。如公元1711年，青海的塔尔寺便建立了“曼巴扎仓”，此后，广惠寺、夏琼寺、拉加寺等寺院也相继建立了“曼巴扎仓”，开设藏医课程，学习经典医著，带徒传技，采制藏药，医治疾病，培养了一大批藏医人才。
十三世达赖（1895～1933）时期，藏医药有了进一步的发展。除发展医疗活动和整理古医籍外，对医学教育也给予了特殊的重视。1916年，达赖曾指示著名医学大师钦绕诺布主持建立一个医学和天文历算机构“门孜康”，专门培养藏医学和天文历算人才，编制藏族历书。学校学习以《四部医典》为主，同时还要学习天文历法、历史、诗歌等课程。学校有一整套严格的考试制度，学制为6年，学生最多时达150名。这所学校一直是近代培养藏医的主要场所。
1959年西藏民主改革后，特别是党的十一届三中全会以来，藏医药得到了各级领导的进一步重视与大力支持，使其在西藏、青海、四川、甘肃等各藏族聚居地区都取得到了长足的进步。
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