显著；（3）在克隆阶段挑选阳性菌落时，未能排除基因克隆中的假阳性；（4）研究中多次使用PCR技术，很难避免实验室环境中的交叉污染。
解决这一问题的对策是：（1）提取RNA操作严格，得到的RNA必须经过脱氧核糖核酸酶I(DNaseI)充分消化，去除染色体DNA污染。（2）从聚丙烯酰胺胶上切取有差异条带时，首选实验与对照间信号差异显者，最好是互为有或无的关系；如果仅仅是强与弱的关系，放在次选位置上。（3）即使是差异显著地显现为一条带，也不能肯定是由某一cDNA的均一分子泳动而成，有可能是结构不同而分子量相同的cDNA共泳动（Co-migrat）的结果。对此，可用mSSCP方法区别开来［7］。也可在基因克隆挑选时，用Reverse northern原理作菌落原位杂交进行筛选［20］。（4）关于交叉污染问题的克服应服从分子生物学一般原则。（5）有差异基因的最终确认是用Northern杂交，如果选取了十几或几十条差异条带，用Northern杂交工作量太大，若用Reverse northern杂交则比较简便［20］。
DD扩增片段较短(≤500 bp)，且扩增片段多位于3UTR（3untranslated region）范围内，很少能扩增到ORF （open reading frame）范围内。这一缺点是由使用的特殊引物所决定的，因此DD得到的是mRNA的标签（tags）；由此带来另一个问题，即这一位于3UTR范围的标签与Gene bank 数据库比较时，多数情况是与EST（expression seguence tags）比较，常不能满足研究者的要求。
解决这一问题的对策是：（1）应用Targeted DD方法，基本原理是将5端引物延长，增加扩增片段的特异性［21，22］；或者用Stone和Wharton［23］报道的“targeted rNA fingerprinting”方法。这样有可能使扩增片段特异性高，减少假阳性率，同时可能在Gene bank数据库中得到更多结构与功能方面的信息；（2）用得到的cDNA片段作probe筛选相应cDNA 文库，得到cDNA全序列，以便于基因结构与功能研究。
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