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我国不同地区分离的七株庚型肝炎病毒5非编码区部分核酸序列比较 |
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性血清采自江苏、北京、安徽、辽宁、广西、新疆和河北等地。HGV RNA经不同功能区引物设计的逆转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)法检测均为阳性。
2．扩增引物：根据中国株HGV 5’端非编码区核苷酸序列，采用OLIGO 5.0软件辅助设计，由北京赛百盛（美国）生物工程公司合成，引物序列为: S1 5 -GGTGGTGGATGGGTGATGAC-3 ；A1 5 -CCGAAGGATTCTTGGGCTAC-3 ; S2 5 -GCTGGTAGGTCGTAAATC-3 ; A2 5 -ACTGGTCCTTGTCAACTC-3 。
3．HGV RNA的检测和核苷酸序列测定：HGV RNA的提取采用异硫氰酸胍一步提取法, 反转录、扩增cDNA和产物检测方法参见文献［9］。 采用ABI Prism 377 DNA自动测序仪对HGV RNA的RT-nPCR产物进行序列测定。部分扩增产物同时用直接序列测定法进行对照测序，操作方法参见文献［6］。
结果
1.HGV RNA的检测：在江苏、北京、安徽、辽宁、广西、新疆和河北等省区的一般人群和供血员血清中, 抗-HGV阳性率为1.2%～5.4%, 其中, HGV
附图 中国不同地区HGV分离株5’非编码区部分序列与GBV-C和HCV比较
RNA阳性率为42.9%～75.5%。
2．中国株HGV与非洲和美国株5’非编码区部分序列的同源性：江苏、北京、安徽、辽宁、广西、新疆和河北等地的HGV分离株分别为Ch2,Ch3,Ch4,Ch5,Ch6,Ch7和Ch8。5’非编码区部分序列与HGV（u 44402，u 36380）的同源性见附图。该7株HGV与非洲株HGV的同源性为85.45%～88.26%, 与美国株HGV的同源性为86.67%～92.02%。
3.我国不同地区分离HGV的7株5’端非编码区序列同源性：7株5’端非编码区部分序列同源性较高（>92.02%），其中差异最大的Ch3和Ch8的同源性为92.02%(196/213，附表)。序列进化树分析可以显示出，该7株中国HGV可能属于一种新的亚型。
附表 中国不同地区分离的7株HGV 5’端非编码区部分基因序列与GBV-C(u 36380)和HGV(u 44402)的同源性比较
分离株 同源率(%)
u 36380 u 44402 Ch2 Ch3 Ch4 Ch5 Ch6 Ch7 Ch8
u 36380 100.0
u 44402 8723 100.0
Ch2 88.26 92.02 100.0
Ch3 85.92 86.85 93.42 100.0
Ch4 88.26 86.67 96.24 92.96 100.0
Ch5 85.45 89.20 93.90 92.96 94.37 100.0
Ch6 86.85 89.67 96.24 92.96 99.06 93.43 100.0
Ch7 85.92 89.67 97.18 94.84 95.31 96.71 95.31 100.0
Ch8 88.26 91.55 95.30 92.02 95.31 93.70 95.31 94.37 100.0
讨论
采用HGV 5 端非编码区序列设计引物，在我国不同地区的一般人群中均可检测到HGV RNA阳性者，证明HGV在我国广泛流行。
我国不同地区分离的7株HGV 5’端非编码区部分序列与美国报道的GBV-C（u 36380）和HGV（u 44402）同源性为85.92%～92.02% 。但与7株中国HGV 5’端核苷酸序列同源性为92.02%～97.18%，提示我国HGV基因型不同于美国报道的GBV-C和HGV，可能属新的亚型。同时，我国各地分离的7株HGV 5’端非编码区序列也不尽相同，同源性最低为92.02%，最高为97.18%，提示我国HGV基上一页 [1] [2] [3] 下一页
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