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赣中南花猪随机扩增多态DNA与群体遗传关系的研究 |
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术采用单个的随机短引物（通常为5～15bp）对基因组DNA进行聚合酶链式反应（PCR），反应产物经琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳分离后，得到高度变异的DNA指纹谱带，进而比较分析DNA的多态性。与其他分子标记技术相比，RAPD技术具有简便、快捷，实验成本低且无须知道目标序列的有关信息等优点，这项技术不仅可用于标定目的基因、构建遗传连锁图谱，同时也为物种种群鉴定，群体遗传学分析，起源、进化和分类研究提供了一种十分有用的工具。
赣中南花猪是江西的七大地方品种之一，它分布于江西省吉安、赣州两地区，包括泰和冠朝猪、永丰藤田花猪、瑞金三花猪、兴国茶园猪、上犹花猪、万安花猪、乐安花猪、新干僳江猪等地方花猪类群。这些猪群所处地区毗邻，自然条件和社会经济条件以及群众的生活习惯和猪的饲养管理方式基本相似，其外型特征和生活特性大同小异，故将其划归为同一品种〔3〕。过去对赣中南花猪的研究主要集中在形态学、生态学方面，对群体的遗传结构和特点了解不多，猪种分类时偏重于形态特征和地理分布，因而难免存在同种异名或同名异种现象。为了正确而全面地判明赣中南花猪各地方类群的品种归属性，20世纪80年代以来，本室人员利用血液蛋白标记、免疫遗传标记和细胞遗传学标记探讨了赣中南花猪种群间的亲缘关系和系统分类〔4～6〕；本项研究尝试利用RAPD技术检测赣中南花猪8个猪群混合基因组DNA的多态性，据此分析种群间的遗传变异和相互关系，探讨RAPD技术应用于群体遗传变异和亲缘关系研究中的意义和价值，为江西地方猪种系统分类提供新的建议及科学依据。
1 材料与方法
1．1 实验材料
实验收集了赣中南花猪中7个地方类群51头个体的血样，包括泰和冠朝猪8头、永丰藤田花猪8头、瑞金三花猪4头、万安花猪15头、兴国茶园猪4头、乐安花猪5头、上犹花猪7头，其中前3类猪群选取的是两代内无任何亲缘关系的个体；后4类猪群因无详细系谱资料或血统数太少，则采取中心产区系统随机抽样的方式选取若干个体用于RAPD分析。
1．2 实验方法
基因组DNA的提取、池DNA的制备以及RAPD分析参照文献[7]中的方法进行，所用的80种10碱基随机引物购自美国OPERON公司（编号为OPF1－20，OPG1－20，OPH1－20，OPI1－20）。
1．3 统计分析方法
任意两个猪群之间RAPD标记的片段共享度（F）和遗传距离指数（D）根据Nei和Li的公式〔8〕来计算：F=2Nxy/(Nx＋Ny)，D=1－F。其中，Nxy为类群X和类群Y DNA池PCR扩增分子量相同的DNA片段总数；Nx、Ny分别为类群X和类群Y DNA池PCR扩增产物的DNA片段总数。
根据D值，应用PHYLIP（phylogeny inference package）Version 3．5C软件程序（Joe Felsenstein 1993），按照非加权的组平均法（Unweighted paired group method with arithmetic mean, UPGMA）对各猪群进行聚类分析，构建聚类关系图。
2 结果与分析
2．1 DNA的扩增结果
用于扩增7个受试猪群基因组DNA池的80个随机引物中，OPH10、OPH17、OPG1、OPF7、OPF8、OPF17、OPI15、OPI19等8个引物未获得任何扩增产物；而OPH9、OPH20、OPG3、OPI6，OPI16等5个引物扩增产物的条带不清晰，不能明确计数；只有OPH2、OPH3、OPH4、OPH5、OPH12、OPG4、OPG7、OPG13、OPG17、OPF2、OPF16、OPI7、OPI8、OPI9、OPI10、OPI20等16个引物的扩增产物产生了清晰可辩的多态谱带，其余51个引物的扩增产物皆为单态。产生多态标记的16个随机引物的扩增结果列于表2，图2显示了OPI20和OPI07引物的扩增结果。RAPD标记的大小在200～4 000 bp之间，与他人报道相符〔1,2，9〕；16种多态引物共产生116个标记（条带），标记数在1～10之间，其中44为多态标记，这表明RAPD技术可迅速提供大量的遗传标记。
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