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真重组率与ELOD值和检验能力的关系 |
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行计算不太方便，因而常利用其展开形式进行计算，假定现有n个信息配子，其中有k个重组子，那么LOD值的展开形式如下：
如果上式中θ用观察值的估计=k/n代入得：
由上式可见，根据观察值资料估计重组率计算LOD值，主要由试验结果决定，但它同时受到2个基因座的真重组率和试验误差的影响。同时当搜索格点足够小时，该LOD值也就是格点搜索法根据试验资料所能找到的最大LOD值。当k>n/2时，恒等于零，因为其重组率估计值为0.5。
2.2 ELOD值和检验能力的计算
由于LOD值是样本含量、重组子数目和真重组率数值的函数，因而现假定样本含量n=50，出现的重组子数目为k（k=0、1、...50），真重组率以步长为0.01的数值从0至0.5区间内变化时，计算各种k重组子事件情况下出现的概率和相应的最大LOD值，模拟计算在Excel电子表格上进行。表1列出了其中部分的计算结果。
表1中第1列是重组子的数目，第2行是真重组率的数值，最后1列是信息配子数等于50时，出现k个重组子的最大LOD值，表中其余数值是给定重组率情况下出现k个重组子的概率。由表1可见当k等于12（估计重组率为0.24）时，对应于最后列中的数值是3.0849，恰巧大于临界值3，也就是说当n等于50时，某次试验出现的重组子数目小于等于12时，才能判断2个基因座连锁，所以其检验能力就等于每一给定真重组率情况下出现0次至12次重组子的概率之和。给定真重组率时的ELOD值是所有k次重组子的概率与其相应最大LOD值乘积之总和。表2列出了真重组率及其相应的ELOD值和检验能力。
由表2可见ELOD值和检验能力随着真重组率的增大而减少，当真重组率为0.15及信息配子数为50个时，其ELOD值和检验能力分别为6.09和97％。ELOD值和检验能力随着真重组率的变化趋势见图1与图2。
图1 重组率与ELOD值的关系
Fig.1 The relationship of recombination rates with ELOD
图2 重组率与Power的关系
Fig.2 The relationship of recombination rates with the power
表1 真重组率已知情况下出现K次重组子的概率及出现K次重组子时的最大LOD值
Table1 The probability for k odserved recombinations and their maximum LOD score valus under the known real recombination rates
k 真重组率
0.01 0.05 0.10 0.15 0.20 0.30 0.40 0.50 LOD值
0 0.6050 0.0769 0.0052 0.0003 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 15.0515
1 0.3056 0.2025 0.0286 0.0026 0.0002 0.0000 0.0000 0.0000 12.9226
2 0.0756 0.2611 0.0779 0.0113 0.0011 0.0000 0.0000 0.0000 11.4046
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