非结核分支杆菌对多数传统抗结核药物耐药，目前尚无特效药物，因此非结核分支杆菌病的治疗困难，预后欠佳。上海市肺科医院的何国钧教授和深圳市人民医院的陈升汶主任医师，就非结核分支杆菌病的治疗作了专题报告。何国钧教授指出：非结核分支杆菌细胞表面的高疏水性和细胞壁通透障碍是其广谱耐药的生理基础，近年研究的疏水衍生物（如利福喷丁等）具有更大的抗非结核分支杆菌活性；将破坏细胞壁的药物（乙胺丁醇等）与其他作用机制不同的药物（如链霉素等）联用，可克服非结核分支杆菌的细胞壁屏障；近年出现的一些抗结核新药，对非结核分支杆菌病有效，如利福霉素类的利福布丁、苯嗪利福霉素等，氟喹诺酮类的环丙沙星、氧氟沙星等，新大环内脂类的甲红霉素、罗红霉素等；治疗前做药敏试验，十分重要；目前对非结核分支杆菌病的化疗方案尚无统一标准，多主张4～5药联合治疗，在抗酸杆菌阴转后继续治疗18～24个月，至少12个月；治疗中应避免单一用药，注意药物副作用。陈升汶主任医师认为，除了化疗外，必要时需采用外科治疗。 向高等报告对59例偶然分支杆菌皮肤脓肿采用以下疗法：成人：2个月加强期采用氧氟沙星、阿米卡星、异烟肼、乙胺丁醇等，4～6个月继续期采用氧氟沙星（左氧氟沙星）、利福喷丁、克拉霉素，部分患者手术前后加用亚胺培南/西司他丁；儿童以利福喷丁、异烟肼和克拉霉素为主，手术前后加用亚胺培南/西司他丁。视病灶情况，分别采取抽脓、切开引流、注入阿米卡星，或行病灶切除。部分病例加用γ干扰素、白细胞介素2和胸腺肽。结果已治愈出院22例，待出院34例，继续治疗3例。深圳市妇女儿童医院的吴若松，报告该院妇产科1998年发生139例脓肿分支杆菌术后感染者采用化疗（克拉霉素、阿米卡星，酌情加用或替用亚胺培南/西司他丁、头孢西丁等）、局部换药和手术治疗，结果139例全部治愈，随访一年无复发。其中8例仅经局部换药后伤口愈合，83例经全身化疗加手术切除，48例经单纯化疗加局部伤口换药。
六、对现有诊断标准和化疗方案的修改意见
我国曾于1987年在海南的“全国非典型抗酸菌病研讨会”上制定了《非典型分支杆菌肺病诊断试行标准》和《非典型分支杆菌病化学疗法试行方案》，目前已不太适用。上海市肺科医院的肖和平主任医师等，认为现有的诊断标准应重新修订，修订后的标准应包括有关定义、非结核分支杆菌的分类、菌种致病性、病型命名、主要临床表现和诊断几方面内容，并谈了具体的修改意见。
在讨论中，大多数代表表示原先的诊断标准和化疗方案需要修改，建议修改成非结核分支杆菌病的诊断和治疗指南，内容包括前言、临床表现、病原学诊断、诊断标准和治疗方案五大部分。有代表认为，指南应简单明了，既体现国情，又与国际接轨；应有预防方面的内容；肺病外的非结核分支杆菌病亦应包括；应强调非结核分支杆菌病的细菌学诊断，金标准是生化实验；治疗应该个体化；除化疗外，还应强调外科治疗等。
七、其他
有代表提出，自1993年始，国外已把偶发分支杆菌、龟分支杆菌龟亚种和脓肿亚种分别称为偶然分支杆菌、龟分支杆菌和脓肿分支杆菌，国内应统一菌种名称。但也有代表认为，菌种的命名是由国家专门的命名机构负责，不宜随意更改。还有代表提出“分支杆菌”和“分枝杆菌”、“生长群”与“生长型”等名词应该统一。有代表提出，有些论文中“从肺结核病例中分离出非结核分支杆菌……”的提法欠妥，因这些“肺结核”并非全是真正的肺结核病例，很可能部分原本就是非结核分支杆菌肺病，因此应改为“从疑为肺结核的病例中分离出非结核分支杆菌……”。由于目前国内的非结核分支杆菌菌株很少，有代表建议由国内某个机构牵头，统一保存非结核分支杆菌菌株，以利今后的研究。其他诸如对纤维支气管镜进行非结核分支杆菌常规消毒的价值、对非结核分支杆菌进行分子生物学研究及基因治疗的前景等，都是代表们感兴趣的问题。由于时间关系，不可能对所有问题都能找到答案，代表们表示今后要加强协作和研究。
此次会议是国内继海南和黄山会议后的第三次关于非结核分支杆菌病的专题研讨会，虽为时不长，到会人数不多，但会间代表们发言踊跃，讨论热烈，基本达到了预期的目标。由于此次会议涉及的内容比较全面，既有国外最新进展的介绍，又有国内近几年几起非结核分支杆菌暴发感染的实际诊治经验的交流，材料翔实、丰富，会后许多代表反映收获颇丰。经过全体与会代表的共同努力，此次会议至少达成了以下共识：国内今后应更加重视非结核分支杆菌病的诊治和研究；现有的非结核分支杆菌病诊治标准需要修改；应
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