【摘要】 目的 检测非小细胞肺癌患者(NSCLC)血清蛋白质,筛选特异的蛋白质标记物,构建用于NSCLC早期诊断的血清蛋白质指纹图谱模型。方法 应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDITOFMS)技术检测235例血清标本的蛋白质质谱,并结合生物信息学方法(支持向量机)分析数据。结果 筛选出3个质荷比(m/z)位于6628,9191和11412的蛋白质标记物,构建NSCLC早期诊断模型。联合3种潜在蛋白质标记物,经留一法交叉验证,区分NSCLC和正常健康对照的敏感性为98%,特异性为96%。盲法验证显示,该模型诊断NSCLC的敏感性为96.56%,特异性为94.79%。结论 SELDITOFMS结合支持向量机建立NSCLC血清蛋白质指纹图谱模型是早期诊断NSCLC的一种敏感性高、特异性强的新方法,值得进一步研究与应用。
【关键词】 非小细胞肺癌;诊断;支持向量机;生物标记物
肺癌是当今世界上死亡率最高的肿瘤,大约占所有恶性肿瘤死亡人数的25%〔1〕。非小细胞肺癌(NSCLC)约占肺癌发病率的80%〔2〕。早期诊断、及时合理的治疗对提高NSCLC患者长期生存率及预后具有重要意义〔3〕。现阶段临床上诊断NSCLC主要依靠胸部X线摄像、CT、细胞穿刺学、支气管镜检查等,多数病例虽可确诊,但因未能及早发现而误失治疗时机影响预后〔4〕。蛋白质组学的发展为NSCLC的早期诊断提供了新的思路和技术平台〔5〕。本研究应用蛋白质组学的表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDITOFMS)技术和生物信息学的方法检测NSCLC患者、肺部良性疾病患者及正常健康人的血清蛋白质组,筛选出特异的蛋白质标记物,探讨用于NSCLC早期诊断的血清蛋白质指纹图谱模型,同时评价该模型对NSCLC诊断的应用价值。
1 对象与方法
1.1 对象
血清样本共235例,来自华中科技大学附属协和医院及郑州大学第一附属医院胸外科。其中NSCLC患者血清112例(鳞状上皮细胞癌56例,腺癌45例,未分化型大细胞癌11例),肺结核患者血清25例,肺炎患者血清30例,正常健康志愿者血清68例。本实验经本院伦理委员会批准,受试者均签署知情同意书。112例NSCLC患者(Ⅰ期20例,Ⅱ期36例,Ⅲ期37例,Ⅳ期19例)中,男78例,女34例,中位年龄59岁。所有NSCLC均经2位病理专家证实。肺部良性疾病和正常健康组与NSCLC组年龄、性别相匹配。外周静脉血标本均于清晨空腹时抽取,室温下静置1 h后3 000 r/min离心10 min,收集血清样本,储存于-80℃保存备用。
1.2 主要试剂和仪器
3〔3(胆酰胺丙基)二甲氨基〕丙磺酸内盐(CHAPS),尿素,二硫苏糖醇(DTT),醋酸钠缓冲液,芥子酸(SPA)均购自美国Sigma公司。蛋白芯片生物系统(Ciphergen PBS Ⅱ+ SELDITOFMS)和弱阳离子交换芯片WCX2均购自美国Ciphergen Biosystems公司。
1.3 蛋白芯片技术路线
血清标本冰浴解冻,4 ℃离心;取96孔板置冰盒上,每孔加U9(9 MUrea,2% CHAPS,1% DTT)10 μl,血清5 μl,4 ℃层析柜600 r/min振荡30 min。震荡结束前15 min做芯片预处理,芯片装入Bioprocessor中,记录芯片号;每孔加醋酸钠(100 mmol/L,pH4) 200 μl,层析;U9处理后的96孔板置冰上,排枪加醋酸钠 185 μl,层析;取已处理的样本100 μl加入到芯片上,层析,甩去残液,快速拍干。加醋酸钠 200 μl,振荡,甩掉,拍干。200 μl去离子水200 μl冲洗、甩干。芯片风干后,每孔分2次加入50%饱和SPA 1 μl,干燥后上机待测。
1.4 数据收集与处理
用已知分子量的蛋白芯片将SELDITOFMS系统校正到分子量误差<0.1%。将结合好蛋白质的WCX2蛋白质芯片用质谱阅读仪分析。分析参数:激光强度为170,灵敏度为6,每个样本收集总点数140次。收集数据范围1 000~30 000,优化范围2 000~20 000。以质控血清作重复性检测,其峰值大小和强度变异系数为0.05%和19.7%。所有数据用Proteinchip Soft
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